谢邀先说结论：两个区别，一是职能上区别，二是领导任免上区别具体还要根据当地的实际情况做区分政府机关是一个广义的范围，在回答这个问题之前，我先假定一个县级政府（即某县政府）为题主所说的“政府机关”，以下回答均参照此设定。

一、内设部门一般叫“组成部门”，中央层面叫部或委，省级叫厅或委，市、县叫局或委以县级政府为例，组成部门一般都是发改局、人社局、教育局等等，承担政府的主要职能和直属单位、派出机构相比，除了工作职能的区别外，最大的区别是：。

政府组成部门的“一把手”即局长或主任，一律由同级人大常委会任命（插一句：县级人大常委会在政府序列只可以任免：代县长、副县长、组成部门的一把手这三类县长则由一年一度的人民代表大会任免）二、直属单位除了组成部门以外的政府工作部门，在中央和省一般叫“总局”和“局”的，都是直属机构。

例如，国家体育总局、省体育局，国家统计局、省统计局，国家林业局、省林业局等等仍需注意：1.在国家层面，“总局”一般是正部级单位，“局”一般是副部级单位2.省一级的“局”一般都是正厅级单位3.在市、县一级，统计局、体育局、林业局依然是组成部门，而非直属单位。

那县一级政府有没有直属机构？答案是有的，但是根据不同的情况，会有不一样的设立例如，有扶贫办、经济合作局、机关事务管理局、中小企业局等等如何区分？和第一条一样：直属机构的一把手，一律由政府发文任免，无需人大通过。

三、派出机构超简单，县一级的派出机构就是街道办事处，主任副主任均由县政府任命省一级原来还有下设“地区”行政公署，也属于省政府的派出机构，不过后来多数地区撤销了，现在的“地区”很少例如，阿里地区行政公署就属于西藏自治区政府的派出机构，他们的领导叫“专员”“副专员”，由自治区政府任命。

原工商局、公安局下属的“所”也是派出机构四、事业单位事业单位体系非常之复杂，从中央到地方、地方与地方之间也有很大区别以县政府为例，政府下属的事业单位一般有两种：一种是政府直属事业单位， 可能有供销社，行政学院（设在党校加挂牌子），城管局，粮食局，没有体育局的地区还设有。

体育运动中心等等（注：地区不同，以上单位也有可能是直属单位）还有一种是由政府组成部门和直属单位管理的下属事业单位，例如招生办（属教育局），人才交流中心（属人社局），政府采购中心（属财政局）单位领导由政府常务会研究后发文任命。

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